Beberapa hari yang lalu, Organisasi Kesehatan Dunia secara resmi mengumumkan bahwa penyakit pneumonia mahkota baru akan diberi nama Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19). Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV), lembaga akademik internasional yang bertanggung jawab atas penamaan virus, mengumumkan bahwa nama virus corona baru telah resmi diidentifikasi sebagai SARS-Coronavirus-2 (sindrom pernapasan akut parah coronavirus 2, SARS- CoV-2).
Sumber: Tangkapan layar beranda situs web resmi ICTV
Orang-orang yang tidak memahaminya menjadi semakin bingung: Karena virus mahkota baru dan SARS telah dipisahkan berkali-kali, mengapa otoritas internasional ICTV tiba-tiba menyebutnya SARS-CoV-2? Bagaimana memahami virus korona terkait SARS?
Artikel ini akan menjelaskan hubungan antara virus corona baru, virus corona SARS, dan virus corona terkait SARS dari sudut pandang taksonomi virus corona.
1. Coronavirus terkait SARS adalah spesies virus yang termasuk dalam famili virus corona
Virus di alam kaya dan beragam, tetapi tidak berantakan. Ilmuwan mengklasifikasikan virus yang berbeda menurut informasi genetik dan hubungan evolusionernya Ini adalah pekerjaan yang dilakukan oleh disiplin taksonomi virus. Saat virus baru muncul, peneliti akan mengikuti sekuens genom virus, sesuai aturan khusus, sesuai dengan taksonomi ordo, famili, genus, dan spesies. Identifikasi virus secara bergantian. Komisi Internasional untuk Klasifikasi Virus (ICTV) adalah otoritas klasifikasi virus.
Mari mengenal klasifikasi virus corona. Coronaviridae (Coronaviridae) adalah keluarga virus di bawah ordo Nidovirales, yang selanjutnya dapat dibagi menjadi subfamili Coronavirinae dan Torovirinae. Virus corona yang biasa kita sebut tidak mengacu pada virus tertentu, melainkan istilah kolektif untuk semua anggota subfamili virus corona. Dalam Laporan Klasifikasi Virus Kesembilan ICTV yang diterbitkan pada tahun 2012, kita dapat melihat bahwa subfamili virus corona terbagi menjadi empat genera: Alpha Coronavirus, Beta Coronavirus, Gamma Coronavirus, dan Delta Coronavirus, dimana Alpha- dan Beta- Coronavirus dari kedua genera ini terutama menginfeksi mamalia, dan semua virus corona juga terletak di kedua genera ini. Genus Beta coronavirus dapat dibagi lagi menjadi empat garis (garis keturunan), A, B, C, dan D. Lineage B hanya memiliki satu spesies virus-virus corona terkait SARS, yaitu Coronavirus terkait SARS.
Hubungan filogenetik anggota subfamili Coronavirus (gambar dikutip dari Laporan Klasifikasi Virus ICTV ke-9, Laporan Kesembilan Komite Internasional Taksonomi Virus, 2012)
Dalam delapan tahun terakhir, virus corona MERS merebak di Timur Tengah.Selain virus corona manusia, semakin banyak virus corona hewan, terutama kelelawar coronavirus, telah ditemukan, dan banyak anggota baru telah ditambahkan ke keluarga virus corona. Laporan klasifikasi virus kesepuluh ICTV terbaru terus diperbarui.Meski bab-bab dari laporan klasifikasi virus corona saat ini belum dipublikasikan secara resmi, pada tahun 2018 ICTV mengeluarkan proposal baru tentang klasifikasi virus corona (2017.013S), yang mencakup virus corona. Jumlah spesies virus telah meningkat secara substansial. Secara spesifik, kita bisa melihat genus Beta coronavirus.Dalam proposal baru ICTV, jumlah spesies virus corona yang tergabung dalam Beta coronavirus telah meningkat dari yang semula 7 menjadi 12, dan 12 spesies tersebut termasuk dalam 5 sub-genus yang berbeda (Sub- marga). Misalnya, subgenus Merbecovirus mencakup empat spesies: coronavirus terkait MERS, landak coronavirus 1, virus korona sayap bawah HKU5, dan virus korona kelelawar berkepala datar HKU4. Subgenus Sarbecovirus sesuai dengan virus korona Beta Lineage B di klasifikasi sebelumnya dan hanya mencakup virus corona terkait SARS.
Subgenus
Jenis Virus perwakilan Embecovirus Beta Coronavirus 1(Betacoronavirus 1)
Human Coronavirus OC43 (HCoV OC43)Bovine Coronavirus, Equine Coronavirus
Virus Corona Manusia HKU1(Virus corona manusia HKU1)
Human Coronavirus HKU1 (HCoV HKU1) Virus corona tikus(Virus korona Murine)
Virus Hepatitis Murine (MHV) Virus corona tikus Cina HKU24(China Rattus coronavirus HKU24)
Coronavirus tikus Cina HKU24 (ChRCoV HKU24) Merbecovirus Virus Corona Landak 1(Virus corona landak 1)
Virus Corona Landak Eropa (EriCoV) Coronavirus terkait MERS(Coronavirus terkait MERS)
Virus Corona Sindrom Pernafasan Timur Tengah (MERS-CoV) Virus Corona Burung Hering HKU5(Virus korona kelelawar Pipistrellus HKU5)
Kelelawar Coronavirus HKU5 (Pi-BatCoV HKU5) Virus Corona Kelelawar berkepala datar HKU4(Tylonycteris kelelawar coronavirus HKU4)
Kelelawar Coronavirus HKU4 (Ty-BatCoV HKU4) Nobecovirus Virus Corona Kelelawar Buah GCCDC1(Rousettus kelelawar coronavirus GCCDC1)
Kelelawar Coronavirus GCCDC1 (Ro-BatCoV GCCDC1) Virus Corona Kelelawar Buah HKU9(Rousettus kelelawar coronavirus HKU9)
Kelelawar Coronavirus HKU9 (Ro-BatCoV HKU9) Sarbecovirus Coronavirus terkait SARS(Coronavirus terkait SARS)
Sindrom Pernafasan Akut Parah (SARS) Coronavirus(SARS-CoV)
Hibecovirus Hoofbat Beta Coronavirus_Zhejiang 2013(Kelelawar Hp-betacoronavirus Zhejiang2013)
Hoof Bat Beta Coronavirus (Bat_Hp-BetaCoV)Virus perwakilan dari 12 spesies virus yang termasuk dalam genus Beta coronavirus (dikutip dari proposal klasifikasi virus corona ICTV 2018a nomor file 2017.013S)
Spesies adalah konsep dalam taksonomi, selanjutnya dibagi lagi, setiap spesies virus korona mencakup satu atau lebih virus yang mewakili. Misalnya, virus korona SARS yang menyebabkan "SARS" pada tahun 2003 adalah anggota perwakilan dari spesies virus korona terkait SARS. Virus corona manusia OC43 adalah virus perwakilan dari Beta coronavirus 1.
Setelah membaca penjelasan di atas, saya yakin setiap orang memiliki pemahaman tentang klasifikasi virus corona, terutama virus corona Beta. Jadi pertanyaannya adalah, spesies virus apa yang dimiliki oleh virus corona baru? Apakah itu mewakili spesies virus korona baru?
2. Virus korona baru milik spesies virus korona terkait SARS
Untuk menentukan apakah virus baru termasuk dalam spesies virus yang ada atau spesies virus baru dalam taksonomi, kita perlu mengacu pada aturan klasifikasi virus ICTV. Untuk virus dari famili berbeda, aturan penentuan spesies berbeda. Sejauh menyangkut virus corona, perlu dilakukan perbandingan identitas urutan protein non-struktural yang dikodekan oleh ORF1ab antara virus baru dan virus yang dikenal. Secara khusus, ada tujuh domain replika yang dilestarikan pada protein non-struktural yang penting untuk identifikasi virus corona. Tujuh domain tersebut adalah: ADRP (adenosine diphosphate sugar-1 "-phosphatase) yang terletak di nsp3, nsp5 (3CLpro, 3C main protease), nsp12 (RdRp, RNA-dependent RNA polymerase), nsp13 (Hel, helicase), nsp14 (ExoN, exo-ribonuclease), nsp15 (NendoU, uridine-specific endoribonuclease), nsp16 (O-MT, O-methyltransferase). Ikuti Aturan klasifikasi yang diusulkan oleh ICTV dalam laporan klasifikasi kesembilan: hubungkan urutan asam amino dari tujuh domain replikase secara seri.Jika identitas urutan antara dua virus korona lebih besar dari ambang batas 90%, itu berarti dua Coronavirus termasuk dalam spesies yang sama.
Meskipun genom virus korona baru dan virus korona SARS sekitar 20% berbeda, ORF1b mereka relatif sangat terkonservasi, dan protein non-struktural yang dikodekan oleh ORF1b menempati sebagian besar dari tujuh domain replikasi di atas. Setelah dibandingkan, kemiripan urutan asam amino antara virus corona baru dan virus corona SARS di tujuh domain tersebut mencapai 94%. Oleh karena itu, menurut aturan klasifikasi virus corona ICTV, virus corona baru dan virus corona SARS termasuk dalam spesies virus yang sama, yaitu virus corona terkait SARS.
Perbandingan urutan asam amino dari tujuh domain replikase yang dilestarikan dari virus corona baru dan virus corona SARS
Saat mengumumkan nama virus corona baru, ICTV merilis pracetak makalah penelitian berjudul "Virus Corona terkait sindrom pernafasan akut yang parah: Spesies dan virusnya - pernyataan dari Kelompok Studi Virus Corona" di BioRxiv. Tim peneliti virus korona ICTV menghitung jarak genetik antara dua nenek moyang yang sama berdasarkan analisis filogenetik dari lima domain protein replikaase paling terkonservasi dari virus corona ORF1a dan 1b, dan menentukan bahwa virus corona baru dan virus corona SARS keduanya adalah virus corona terkait SARS. , Dan menamai coronavirus baru SARS coronavirus-2.
3. Virus korona baru bukanlah virus korona SARS
Karena tergolong spesies yang sama, apakah itu berarti virus corona baru SARS-CoV-2 sangat mirip dengan virus corona SARS, dan merupakan virus SARS kedua? Tidak bisa dipahami seperti itu. Spesies virus korona yang sama dapat mencakup beberapa virus berbeda. Misalnya, selain human Coronavirus OC43, virus yang tergolong Beta Coronavirus 1 juga termasuk Bovine Coronavirus, Equine Coronavirus, dan Porcine Hemagglutinating Encephalomyelitis Virus. Dan ICTV juga dengan jelas menyebutkan dalam makalah pracetak mereka bahwa SARS-CoV-2 adalah "saudara perempuan dari SARS-CoV dari spesies virus korona terkait SARS", yaitu, SARS-CoV-2 dan virus corona SARS adalah hubungan saudara. Jangan bingung.
Virus corona baru dan virus SARS memiliki beberapa kesamaan: keduanya dapat menyebabkan pneumonia yang parah, keduanya terkait dengan hewan liar, dan musimnya serupa, tetapi perbedaannya juga sangat jelas. Kesamaan urutan genom lengkap dari virus corona baru dan virus SARS hanya sekitar 80%. Gen S dari virus korona mengkode protein lonjakan yang bertanggung jawab untuk pengikatan reseptor dan terkait erat dengan patogenisitas virus, sedangkan kesamaan urutan gen S dari virus korona baru dan virus SARS hanya 73%. Dari sudut pandang ini, terdapat perbedaan yang cukup besar antara virus corona baru dan virus SARS, dan perbedaan ini juga menyebabkan perbedaan karakteristik biologis patogeniknya: patogenisitas virus corona baru hanya adik laki-laki dibandingkan dengan virus SARS, dan telah berkembang menjadi penyakit yang parah. Tingkat dan tingkat kematian SARS jauh lebih rendah dari SARS, tetapi kapasitas transmisi lebih kuat dari SARS. Apalagi virus corona baru lebih licik dari virus SARS dan memiliki masa inkubasi yang lebih lama.
Dari sini kita dapat melihat bahwa terdapat banyak perbedaan yang nyata antara virus corona baru dan virus SARS, dan keduanya merupakan dua hal yang berbeda. Organisasi Kesehatan Dunia juga menyatakan di situs resminya: 2019-nCoV berasal dari keluarga virus yang sama dengan SARS-CoV tetapi itu bukan virus yang sama, dengan jelas menyatakan bahwa virus corona baru dan virus SARS adalah virus yang berbeda.
Sumber tangkapan layar: situs web resmi WHO
(Https://www.who.int/news-room/q-a-detail/q-a-coronaviruses)
Jika keluarga virus corona adalah keluarga besar, maka virus corona terkait SARS adalah keluarga kecil dalam keluarga besar. Tetapi ada cukup banyak anggota dalam keluarga ini. Selain virus korona SARS dan virus korona baru, virus korona terkait SARS juga mencakup beragam jenis virus korona mirip SARS yang ditemukan pada kelelawar di China dan banyak bagian dunia. Dari pohon evolusi virus korona terkait SARS, kita dapat melihat bahwa virus korona baru dan virus korona SARS terletak di dua cabang berbeda, dan di dua cabang ini juga terdapat virus korona mirip SARS kelelawar yang berbeda. Pohon evolusi juga secara intuitif menunjukkan bahwa virus korona baru bukanlah versi evolusi atau versi mutan dari virus korona SARS, bukan SARS 2.0, tetapi hubungan paralel dengan virus korona SARS.
Pohon filogenetik berdasarkan urutan genom lengkap dari virus corona terkait SARS (Zhou et al., Nature, 2020)
Beberapa orang mungkin bertanya: "Anda mengatakan di sini bahwa ICTV menilai bahwa virus corona baru dan virus SARS adalah spesies yang sama, tetapi para ahli mengatakan bahwa virus corona dan SARS baru bukanlah virus. Bukankah ini kontradiktif? Siapa yang harus saya percaya?" Faktanya, kedua pernyataan itu benar. Konon virus corona dan SARS baru adalah spesies yang sama. "Spesies" di sini mengacu pada "spesies", yang merupakan istilah tepat dalam taksonomi. Dan mengatakan bahwa coronavirus baru dan SARS bukanlah sejenis virus, "spesies" di sini adalah istilah populer kami. Ini seperti mengatakan bahwa Chihuahua dan Teddy bukanlah sejenis anjing, tetapi keduanya adalah spesies anjing. Oleh karena itu, kedua pernyataan ini baik-baik saja.
Terakhir, mari kita rangkum hubungan antara virus corona baru SARS-CoV-2 dan SARS coronavirus: secara taksonomi, mereka berasal dari spesies virus corona yang sama, tetapi mereka adalah dua virus yang berbeda. Mereka adalah virus corona terkait SARS. Dua saudara dalam keluarga.
referensi:
Zhou P et al., 2020. Wabah pneumonia terkait dengan coronavirus baru yang kemungkinan berasal dari kelelawar. Nature, doi: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7. Taksonomi, klasifikasi, dan nomenklatur virus virus: laporan kesembilan Komite Internasional Taksonomi Virus. San Diego, CA: Academic Press, 2012. Gorbalenya AE. 2020. Coronavirus terkait sindrom pernafasan akut parah - Spesies dan virusnya, pernyataan dari Kelompok Studi Coronavirus. BioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.07.937862.
Penulis: Hu Ben (Institut Virologi Wuhan, Akademi Ilmu Pengetahuan Tiongkok)
Sumber: Virologi Cina Edisi Bahasa Inggris
Penafian: Artikel ini direproduksi dengan tujuan untuk menyampaikan lebih banyak informasi. Jika ada kesalahan dalam pelabelan sumber atau pelanggaran hak hukum Anda, silakan hubungi situs web dengan sertifikat kepemilikan, dan kami akan memperbaiki dan menghapusnya tepat waktu, terima kasih.
Sumber: Voice of Chinese Academy of Sciences
- "Tidak ada pertunjukan" di panggung musim semi pasar seni pertunjukan: 20.000 pertunjukan dibatalkan atau ditunda! Konser Andy Lau kehilangan ratusan juta ...
- "Spiderman" ini memakai topeng! Terjadi kebakaran di lantai 10. Dia berbelok ke dalam rumah dari lantai 9 dengan tangan kosong untuk memadamkan
- Provinsi ekonomi besar dengan epidemi serius ini memiliki kembalinya pekerjaan terbesar di negara ini. Bagaimana melakukannya?
- Biro Pengawasan Pasar Xingtai membantu petani menjual jamur untuk dimulainya kembali pekerjaan dan produksi
- Rute penularan dan pengobatan obat telah berubah! Diagnosis dan rencana pengobatan terbaru untuk pneumonia koroner baru diumumkan